十九世纪六、七十年代，西方列强侵略矛头直指中国，造成了中国边疆危机四伏。台湾战略地位显要，成为美国、法国等列强武力侵犯的重点。明治维新一开始，日本在对外政策上确立了“开疆拓土”的侵略总方针。地处日本西南太平洋上的琉球和台湾成为其对外扩张的首选目标。

1871年12月，60多名琉球人乘船遭遇台风，漂流到台湾南部登陆，其中54人被台湾土著居民杀害，其它人被清政府送回国。日本以琉球漂流民在台湾被杀为借口，在美国驻厦门总领事、自称“台湾通”的李仙得的协助下，立即向清政府发难，乘机侵略台湾。

1873年11月，日本政府派外务卿副岛种臣出使中国，随员柳原前光到清政府总理衙门询问琉球漂流民被杀事宜。柳原前光提出：“贵国台湾之地……贵国所施治者仅及该岛之半，其东部土番之地，贵国全未行使政权，番人仍保持独立状态。前年冬我国人民漂流至该地，遭其掠杀，故我国政府将遣使问罪。”总理衙门大臣毛昶熙等回答说：“番民之杀琉民，既闻其事，……。夫二岛俱我属土，属土之人相杀，裁决在我。我恤琉人，自有措置，何预贵国事而烦过问？”柳原前光争辩说，琉球为日本的国土，清政府应惩罚杀害琉球人的番民。毛昶熙说：“杀人者皆生番，故且置化外。……皆不服王化。” 柳原前光说：“生番害人，贵国舍而不治，我却将问罪岛人。”

1874年2月6日，日本政府通过《台湾番地处分要略》。4月组成所谓的“台湾生番探险队”3000人，由陆军中将西乡从道率舰队侵略台湾，并在琅峤登陆。5月18日，日军开始与台湾当地居民交战。牡丹社酋长阿实禄父子等战死。7月，日军以龟山为中心建立都督府。

 清政府得知日军侵犯台湾消息后，立即向日本政府提出质问，并派福建船政大臣沉葆桢率军直赴台湾。沈葆桢等到达台湾后，一面与日军交涉，一面积极备战。日军由于不服台湾水土，士兵病死较多。日本政府考虑到不能立即军事占领台湾，于是转而用外交手段解决问题。经过一番外交斗争后，清政府与日本政府于10月31日签订《北京专条》，清政府付给“日本国从前被害难民之家”抚恤银10万两和日军在台“修道建房等”40万两。12月20日，日军从台湾全部撤走。

日本第一次对外侵略扩张首选的目标即为中国台湾，给清政府敲响了警钟，同时也暴露了日本霸占台湾的野心。

1879年，日本武力吞并了琉球，设冲绳县。台湾的安全再次受到威胁。1885年10月，清政府下诏在台湾建省，成为中国第20个行省。